主人公キイチくんは自分もまわりも不幸にしてしまう体質で、自分が思いを寄せるさくらちゃんに10億円もの借金を背負わせてしまったことから、時給10万円を提示する「地獄ようちえん」でアルバイトを始めることにした。しかし、そこは世界征服を目論む悪魔の園児たちが集う幼稚園だった。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
表面上看来，藤宫香织（雨宫天 配音）是一个再平凡不过的高中少女，然而，很少有人知道，一种罕见的疾病让香织的记忆只能维持一周的时间。曾经感情要好的朋友、让人快乐的事情，只要一周的时间一到，就会统统忘记，背负着这样的痛苦，香织压抑了自己的感情，带上了冷酷的假面，过着离群索居的孤独生活。 香织诡异的性格让开朗乐观的男孩长谷佑树（山谷祥生 配音）感到十分好奇，他主动接近香织，提出了要成为朋友的请求。得知了香织的病情，佑树并没有退却，周复一周，他凭借着自己的善意，一次又一次地和香织成为了朋友，随着时间的推移，一种坚实的羁绊在两个年轻善良的孩子之间产生了。
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
2050年。由于在父亲创立的制造公司·Rebuild社对“自律机械DZ”的开发做出了贡献， 因而年纪轻轻就赢得了名声的技术人员德里达·伊万（主人公）。 有一次，德里达与同僚内桑注意到了“DZ”的重大缺陷， 但上司却完全不听从忠告，对此感到恼火的他在知道危险的情况下仍然拖延应对， 并前去参加内桑的爱女·玛吉的生日派对。 但，在度过了一时平稳之后的第二天，德里达和内桑遭到神秘部队的袭击。 在出逃的最后，落入冷冻睡眠装置的德里达再次睁开眼时， 时间已经过了10年，放眼望去的世界早已荒废，陷入了战争状态！ 就在遭到失控的“DZ”群的袭击，即将放弃一切的时候， 德里达回想起了内桑临终的话语。 “玛吉就拜托你了” 即使对降临到自己身上的命运感到困惑，但为了寻找玛吉，德里达仍然向前迈进。 重逢，超越了“时间”—— 这是，思念踏上旅途的故事。
