在兽型战士的联合攻击下，幕后黑手巴罗坠入了黑暗之门，猪猪侠和小伙伴获得了国王的嘉奖，人类与怪兽握手言和，童话世界恢复了和平。然而，巴罗并未丧生，他在黑暗之门获得了黑暗势力的支持，变得更加强大。巴罗接受了“摧毁童话世界”的新使命，不仅毁掉了五灵锁和怪兽研究社，而且其真实身份曝光后，兽型战士也陷入了难以抉择的境地，童话世界岌岌可危。失去了五灵锁的兽型战士们该何去何从？得知真相后，猪猪侠是否还能坚持战斗？危险正在靠近，信念正在动摇，童话开始崩塌，新的力量正在崛起……
本来应该已经被打败的虫族们，却没想到虫王带着虫族们以更强的能力席卷而来，再次来到地球搞破坏和掠夺地球的资源，变形联盟带着地球特勤队提供的新机体，再次与虫族展开战斗，粉碎虫族的阴谋，守护地球与人类的和平。虫族败退后，变形联盟与普尔达再次围绕基因石的归属展开争夺战，虽然普尔达以微弱优势取胜，但歼灭者却突然发动叛变，抢走基因石头让歼灭者变得更强大，变形联盟完全不是对手。歼灭者企图以绝对力量称霸宇宙，在巨大的威胁面前，普力士、普尔达、普奇威父子三人冰释前嫌，首度联手，加上其他同伴的力量，所有人一起向歼灭者展开最后的激战，并成功获胜，再次守护了宇宙的和平。
