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在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。                                                                      　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。

时为公元2202年。                                                                      　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。                                                                      　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，                                                                      　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。                                                                      　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。                                                                      　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。                                                                      　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？                                                                      　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。                                                                      　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

由于丈夫的自私，天女瑟蕾丝（岩男润子 配音）含冤而死。死前瑟蕾丝立下诅咒，总有一天要通过御景家的血液重生，向御景家寻仇。胆小的御景家设立了一个仪式，他们决定将所有带有天女血统的子孙在十六岁生日那天赶尽杀绝。十六岁的御景妖（嘉数由美 配音）不幸的继承了天女的血统，而她的哥哥御景明（千叶进步），居然就是瑟蕾丝丈夫的转世。生日当天，原本集万千宠爱与一身的妖子霎时间成为了众人猎杀的对象。在逃跑的途中，她被梧纳凉（浅野麻由美 配音）和十夜（小西克幸 配音）所救，梧纳凉拥有少量的天女血统，同病相怜的她成为了妖子的庇护者。来自御景家的追杀步步紧逼，同时妖子体内的瑟蕾丝也日益的强大和凶残起来。妖子决定赶在御景家之前找到失落的天女的羽翼，以抚慰瑟蕾丝的灵魂。而在并肩作战的过程中，她和十夜的感情也渐渐生出了萌芽。

とあるマンモス団地の29号棟に母と姉と共に暮らす小学生、木下ともお。父は単身赴任。彼のくだらなくも楽しい日常生活を周りの同級生、少し変わった大人たちを交えてときにギャグたっぷりに、時にはシュールに、時にはせつなさ、哀愁を漂わせながら描く。なお、各話のエピソード名には必ず語尾に「ともお」と付く。

　　因兴趣而开始做英雄的男人，埼玉。他通过3年的特训获得了无敌的力量，成为仅凭一击就能打倒任何敌人的英雄。他和偶然成为自己弟子的杰诺斯一起，开始在英雄协会正式展开英雄活动。在怪人发生率异常上升的同时，英雄协会想到大预言家皱巴巴婆婆留下的“地球完蛋了”的灾害的可能性，并准备开始研究对策。此时，对怪人感到憧憬的饿狼出现了。                        

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。