《萌鸡小队》讲述了四只萌鸡宝宝在妈妈的关爱下，与其他小动物一同快乐相处，共同成长的故事。在遥远的大森林里，有一棵美丽的大树，大树底下被弹性十足的蘑菇和争奇斗艳的花朵包围着，形成了一个宽阔的大自然游乐场，这就是萌鸡们的家。萌鸡妈妈美佳开明又热心，四只萌鸡宝宝（大哥大宇、二姐朵朵、三哥欢欢、小弟麦奇）活泼又可爱。他们互相帮助，四处探险，还结交了很多新朋友，共同描绘出一幅清新童趣的森林画卷，让小朋友们在领略大自然的奥妙的同时，也在萌鸡身上学到许多美好品质。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，黑魔仙小月（周娇 饰）偷偷修炼黑魔法，还想要盗走魔仙彩石。守护魔仙小蓝（廖景萱 饰）为了追寻魔仙彩石的下落来到了人间，藏身于音乐盒中，偶遇了善良的姐妹凌美淇（孙圳 饰）和凌美雪（黄安仪 饰）。 小蓝住进了姐妹俩的家中，化身成为他们 的保姆，三人共同度过了一段充满了幸福和快乐的生活，彼此之间结下了深厚的友谊。魔仙女王（王慧 饰）特别准许小蓝教授两姐妹魔法，美淇和美雪成为了小魔仙，与此同时，小月亦在人间结识了名为严莉莉（刘美含 饰）的女孩，将她变成了小黑魔仙。在人间，一场正义和邪恶之间的战争即将拉开序幕。
奶龙经常因为自己蠢萌的性格和新奇的想法给小七惹了不少的麻烦和笑话，而小七虽然嘴上吐槽奶龙，但等奶龙真正遇到问题或危险时，又勇敢地挺身而出，帮它解决各种问题，两人的友谊因此越来越稳固。
第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪…… 第二部： 这是一个全世界疯狂痴迷于卡片对战的世界。在这个世界，治理和保护环境被视为最神圣的职权。成名于世200余年的卡片世家宇文氏在第7代族长宇文锦辰的带领下，史无前例的取得了全国大赛的三连冠，使宇文氏在被长乐会压制了百余年后再次夺回了环境治理权。与此同时，宇文锦辰的三个儿子：宇文任、宇文炎、宇文士也都年满十岁，按宇文氏族例，年满十岁的子孙必须具备独立比赛的能力。双胞胎中的弟弟宇文士在十岁首演中意外失手，成为二百余年来第一个十岁首演失败的宇文氏子孙，崇尚最高卡片艺术的宇文锦辰一怒之下将宇文士逐出家门，并剥夺他的宇文姓氏。 这时，我们的主人公祺翔在寻求凯德事件真相，解开环境破坏之谜的时候，意外的被卷进了这一个神奇的世界，并结识了宇文士，两人结下了深厚的友情，为了保护环境、取得认同，共同踏上了御兽卡比赛之路……
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平
本季中邪恶的女王曼多拉将孔雀和罗丽抓回仙境，为救出同伴，各位主角将再次闯入仙境。女王控制的仙境更加危险，能否救出同伴我们还将拭目以待。本季中全新角色琪娜将会登场，她拥有神秘娃娃菲灵，并有着独特的战斗技能。她能否击败水王子和封银沙阻止邪恶女王的计划吗？
