这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
「我舞故我在」非洲西部的天空神Onyankopon利用歌舞来拯救女高中生！
都立日野南高校に通う女子高生、虎視こし虎子とらこ。 ある日の登校中、 彼女は顔に冷たいものが当たるのを感じた。 ふと上を見ると、そこには鼻水をたらし、 ツノが電線に引っかかって 身動きが取れなくなっている女の子が――！？ うっかり変な『ツノ』の生えた 少女・鹿乃子しかのこのこを助けたことで、 優等生（の皮を被った）虎視虎子の人生が かき乱されていく…… 一人の少女（元ヤン）が一人のシカ（？）に出会う ガール・ミーツ・シカ物語開幕！！
故事的主人公，大山武进入了原本是女校的「天日学园」，在这间女性的花园的学校里，等著大山武的是可靠的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。在天日学园中，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握「元素」，而当中有一部份学生更能够使用拥有不可思议力量的「魔具」……
庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
本作是超级机器人大战首次制成动画，故事背景在“OG2”结束后发生的“巴鲁多露事件”的原创故事。因为这是第一次动画化，机战迷都十分期待，但因动画素质低而不获好评。
