生长于伊豆小镇的小日向光，以及从东京搬来的大木双叶。一同进入梦丘高中的两人，在呼吸器潜水以及日常的平凡事件当中，找到了很多的幸福。曾经对任何事都很消极的双叶，在总是开朗乐观的光的影响下，经历了很多向前踏出一步的喜悦。不止如此，双叶还在期盼已久的开放水域潜水员实习中合格，接下来将要以进阶开放水域潜水员为目标。仅此一次、无可替代的高中生活，现在才正要开始。美妙的日子仍未结束，两人一同走过的日子还要一直继续。
高中三年级的筒井光是所谓的御宅族少年。 只要有游戏或动画里的二次元女生的话，感觉就能独自一人生活了……。 但，他突然被超绝3D（现实）美少女·五十岚色叶告白，并开始和她交往！ 在被奔放的色叶玩弄于股掌之间的同时，筒井逐渐爱上了她……。
露比（斋藤彩夏 配音）是一只快乐的生活在魔法王国之中的宝石宠物，即将进入魔法学校就读的它却在一开始的入学测试之中就失败了，为了能够继续留在学校之中，露比必须潜入人间，找到那个独一无二的和自己心灵相通的女孩子，带着她一起进入学校深造。 就这样，露比来到了人间，并且顺利的邂逅了自己的真命天女樱明（高森奈津美 配音），除了这个天真可爱善良活泼的小姑娘外，露比还结识了很多的人类伙伴——沉默寡言却外冷内热的神内佑马（立花慎之介 配音）、个性孤僻实际上非常善良的阿鲁玛（高本惠 配音）和无论何时都能保持乐观的米莉亚（竹达彩奈 配音）。
将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。 故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。面对他们的粗暴举动，越来越多的人感到不满。 故事的主人公是父亲失踪后，在柳生道场暂代师傅职位的在校生柳生宗朗。他对学生会进行的“丰臣狩猎”行动抱有疑问而主动和执行部保持了距离。然而有一天，柳生宗朗突然收到学生会的命令，要求他明天立刻交出道场。当天晚上，柳生宗朗和平日一样在道场进行修炼，突然间从屋顶上掉下来一名手持兵刃的美少女。之后，这名自称柳生十兵卫三严的美少女用华丽的剑术击退了突然来袭的风纪委员长服部忍群，从这之后，就不断有继承了历史名将名称的美少女出现在柳生宗朗面前。
住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴拿，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。 幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬。15岁的乔鲁诺，与统领意大利黑社会的黑帮组织“热情”一同引发事端，并成为被盯上的目标……
过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。 ——对抗Servant的是Servant。 ——“圣杯战争”的系统被变更，前所未有的七对七规模的战争爆发了。 因此，以罗马尼亚的图利法斯为舞台，空前绝后的规模的战争——“圣杯大战”拉开了帷幕。
