故事发生在未来世界之中，在那里，怪盗和侦探是两个同样活跃但相互对立的群体，长久以来，两个群体之间一直维系着相互制约和对抗的微妙平衡。在这样一个动荡的时代中，有一些人拥有着名为“Toys”的特殊能力，拥有这种特殊能力的人们有着比平常人更为缜密的逻辑思维和敏锐的观察能力。 天真烂漫活泼可爱的雪莉福德（三森铃子 配音）、成熟冷静充满了高贵而优雅的气质的阿蒂尼亚（橘田泉 配音）、性格内向沉默寡言十分喜欢读书的艾露克露（佐佐木未来 配音）和个性大大咧咧心直口快的让崎妮洛（徳井青空 配音），这四名拥有特殊能力的少女们展开了和怪盗之间的争斗。
「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。 そこで行われる、ある一つの儀式。 手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。 騎士 "セイバー" 槍兵 "ランサー" 弓兵 "アーチャー" 騎兵 "ライダー" 魔術師 "キャスター" 暗殺者 "アサシン" 狂戦士 "バーサーカー" マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。 その名は「聖杯戦争」。 2014年 秋、開戦 ――。
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