突然在世界中心出现的新大陆·圣洲。随着这一沉睡着未知生物及资源的大陆的出现，世界再次进入探险家的时代！在欲望横流的圣洲，少年·又以救助探险家们为生业……。
故事发生在樱丘高中内，在开学典礼上，合田美樱（丰崎爱生 配音）和芹泽春晖（铃村健一 配音）相遇了。四散的樱花雨中，两人的身影在彼此的眼中留下了深深的烙印。之后，姻缘的红线将两人紧紧的联系在一起，他们一起上学放学，一起吃午餐便当，在天台上闲聊打发时光，虽然周围的朋友们都认为两人已经是在交往的情侣了，但只有他们两人自己知道，在两人之间，依然存在着无法跨越的鸿沟。 美樱是美术部的成员，在画画时往往沉浸在自己的世界中无法自拔。而春晖则加入了电影研究部，个性开朗乐观的他喜欢和朋友们聚在一起讨论当下最流行的电影。这个世界上存在着相互喜欢但无法表白心意的人吗？
江户时代末期，在那场惨烈的战争结束后，幕府认输了，天人逐渐渗透到了江户居民的生活当中去，武士道的精神在慢慢衰落，当年骁勇善战的攘夷志士们，也都隐姓埋名得过起了隐居的生活。为了维持父亲的道场，志村新八（坂口大助 配音）和姐姐志村妙（雪野五月 配音）不得不辛苦的工作。为了生 存，在跋扈的天人面前，新八必须忍辱负重。某天，一个自然卷白毛的出现改变了新八的生活，他狠狠教训了欺负新八的天人，却也害得新八丢了唯一的工作。气急败坏的新八追随他的脚步来到了位于小酒吧二楼的“万事屋”，随后他发现，“万事屋”的老板，这个叫做坂田银时（杉田智和 配音）的男人，尽管表面上悠闲懒散，但是却有着一颗“坚决贯彻自己的武士道”的正直的心。银时雇佣了新八，在此之后，对这个时代彻底失望的新八渐渐认识了围绕在银时周围的，善良而美好的人们。 动画片改编自漫画家空知英秋的同名漫画，动画一经播出，立刻引发了“银魂”热潮，开创了“吐槽”与“热血”并存的新的动画类型。
第三季的标题确定为「二人是MilkyHolmes」,与前两季不同的是这次每话只有12分钟。剧情方面,新作的时间设定是前作的两年后,稍微成长了一点的MilkyHolmes四人,将会迎来和美和爱丽丝两位后辈,而随着两人的加入侦探小组的名称也改为"MilkyHolmesFeathers"。by:yakubd.cc
『Re:ゼロから始める休憩時間』（リ・ゼロからはじめるブレイクタイム）および『Re:ぷち Re:プチから始める異世界生活』（りぷち）は、AT-Xで本編終了後に放送された短編アニメ。『Re:ゼロから始める休憩時間』は本編で尺や展開の都合から触れることのできなかった事柄や設定を補足する内容が多い。『Re:ぷち』は本編とは関係がないスピンオフアニメとなる。
