如果登上塔，一切就都可以得到。 塔顶上有着这世界上的一切，可以得到这个世界……成为神。 为了欣赏星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及如果有蕾哈尔这样的女朋友就什么也不需要了的少年·二十五夜，他们之间的故事开始了。
从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。
「魔法使いさん、わたし、約束守れませんでした……」 魔法使いに憧れる天然少女クルミ＝ミライと、 代々魔法使いを輩出する名家の令嬢ユズ＝エーデル。 レットラン魔法学校＜国家魔法師養成専門学科（通称・マ組）＞への進学は魔法使いになるための必須条件。 なのに、まさかの受験失敗………と思っていたら⁉ 一見、子どものような国家魔法師ミナミ＝スズキが担任として現れ、 学園生活は急転！訳ありげなクラスメイトに、怪しそうな同好会…… この学校に隠された秘密って何⁉ 魔法使いさん、わたし＜普通科一組＞で、魔法使いになれる、の、カナ……？ 夢に破れた正反対なふたりの少女の青春＊魔法学園ファンタジー！
魔界の悪魔、通称「邪神ちゃん」は、 ある日突然人間界に召喚されてしまう。 彼女を召喚したのは、神保町のボロアパートで暮らす ちょっとブラックな心を持つ女子大生「花園ゆりね」。 「邪神ちゃん」を召還したものの 彼女？を魔界に帰す方法がわからない。 仕方なく一緒に暮らし始めた邪神ちゃんと「ゆりね」だが、 「邪神ちゃん」曰く、「召喚者が死ねば魔界に帰れる」。 そこで邪神ちゃんがとった行動とは……!?
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ＆ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜と呼ばれるスティング＆ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法（ユニゾンレイド）を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。
