故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
在浩瀚的宇宙中，有一个人类、机器人、外星人共同生活的地方，叫“星星球”。某天，灰心星球的宇宙开发公司派出了两大王牌战士“大大怪将军”和“小小怪下士”并携带着拥有强大力量、赋予机器生命和智慧的终级武器——五色神奇宝石，想强行占领“星星球”，可是，当他们冲进大气层时发生了意外，除了黑色宝石外，红色、粉红色、绿色、蓝色宝石都散落到星星球。在星星球上有一位天才的机械师——宅博士，在维修垃圾电器时，四台旧机车刚好遇上了四颗宝石，在无意中激活了它们；从此，开心超人、甜心超人、花心超人和粗心超人诞生了。他们在宅博士的带领下，一次又一次地挫败了侵略者的阴谋，保护了“星星球”。
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
程恪为追寻艺术辞掉原有工作，与江予夺不打不相识，还成了他的房客，从此开始了新生活。这两个不同工作领域的陌生人一开始冲突不断，从相互嫌弃到互相理解，通过努力和奋斗，各自收获了成功，朝着美好的未来前行。
