涉谷有利被厕所冲进异世界，此世界分为两个种族，人族和魔族。魔族有着强健的体魄和超长的年龄，在力量上也有着得天独厚的优势。而人族只拥有和你我相同的所有特征，力量方面只能靠挖掘出的能释放法力的石头来和魔族的力量相持。魔族的力量与法石的力量是相抗衡的。 4000多年前，创主也就是宗主，想毁灭世界。魔族的第一代魔王，也就是真王，取得了胜利并建立了真魔国。而有利是第27代魔王。 《今天开始做魔王 第三季》有利一行人又会有什么样的经历呢？
由于父亲工作的缘故，二见望（高城元气 配音）将寄宿至小镇上的阿姨家，并且在那里的“双爱学园”里完成自己初中的课程。关于这个小镇，有一个忧伤又美丽的传说，一对双胞胎姐妹同时爱上了一名年轻男子，由于男子无法做出抉择，悲伤的姐妹两化作小鸟飞翔天际。不知是不是由于这个传说的缘故，小镇上的双胞胎姐妹特别的多。 在小镇上，望结识了樱月姐妹琦罗（伊月唯 配音）和希罗（纲挂裕美 配音），一条姐妹薰子（堀江由衣 配音）和菫子（小清水亚美 配音），白钟姐妹双树（门胁舞 配音）和沙罗（水桥香织 配音）等双胞胎姐妹们，她们外表相似但个性迥异的特点吸引了望的注意。同时，在望的记忆中，幼年时曾在这里和一对姐妹许下了约定，他知道，这对姐妹正藏在这些五光十色的女孩子们中间。
海鸥学园的奇妙传言之一。据说旧校舍三层女厕所的第三间里的同学，会实现前来拜访者的愿望。非常喜欢巫术等超自然现象的少女八寻宁宁为了实现自己的愿望，将之托付给了学园怪谈……
