被宝可梦抚养长大的少年可可。 这个夏天，宝可梦与人类间新的羁绊诞生了。 在远离人烟的丛林深处。 那里有， 不容任何人踏足的， 用严格的规定守卫的宝可梦们的乐园—御木屋森林。 被幻之宝可梦·萨戮德抚养长大的少年可可就生活在这座森林中。 对自己是宝可梦深信不疑的可可， 有一天，和小智与皮卡丘相遇了， 第一次有了「人类的朋友」。 自己是宝可梦吗？ 抑或是人类呢？ 危机迫近的御木屋森林， 考验着宝可梦与人类，父母和孩子的爱。
「いつか必ず、２人で最強のバッテリーを組もう！」 光との再会を誓い、風林学園中等部に進学した大吾。 大吾がキャプテンを務める野球部は、上級生が抜け睦子をはじめとした女子ばかり。 クセのある新入生を迎え、新生・風林中野球部始動！ 野球女子の実力やいかに！？ どこまでも熱い王道野球物語、「中学生編」開幕!!
