港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”，以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”，分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成，正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。 从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？ 这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？

リブラシティの事件から2年。 行方不明となったベムたち妖怪人間の行方を探し続けていた刑事・ソニアは、目撃情報を元に「ドラコ・ケミカル」という製薬会社を訪れる。 そこで出会ったのは、逞しく成長し、たった一人で悪と戦い続けるベロ、戦いを拒み、普通の女の子としての暮らしを望むベラ、そして、ベムにそっくりな姿の"ベルム"という男だった・・・。 ベルムは、自分のことをベムと呼ぶソニアとの接触以来、毎夜、悪夢にうなされることになる。 愛する妻と子どもに囲まれた暖かい家庭。優しい街の人々とのいつもの交流。気の置けない同僚と、やりがいのある仕事。 そんな、自分にとってごく普通の、変わらないはずの日常が、音を立てて崩れ落ちていく―。 「俺は一体、誰なんだ・・・？」 彼らの運命はすれ違い、交錯し、やがて妖怪人間誕生の秘密へと繋がる。 長年抱いていた夢の答え。果たして妖怪人間が選び取った未来とは・・・！？