柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。 杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。 在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯南一行人陷入了危险之中……

“银河天使队”是特兰斯巴尔皇国近卫军所属的特殊部队。任务是收集古代文明遗留下的“遗失科技”。但是实际上，从猫的搜索、VIP和犯罪者的护送、垃圾处理到钉在行星上的钉子的拔除，可谓是无所不做的万事屋。

仓田英之的轻小说‘R.O.D READ OR DIE YOMIKO READMAN "THE PAPER"’为原作。描写“操纸术”能自在操纵纸的能力的秘密探员读子·利德曼（YOMIKO READMAN）。如何解决企图以贝多芬的自杀交响曲，清除多余的人类的伟人军团。

　　只要是有美味佳肴的地方，就一定会出现一位自称美少女天才魔导士的莉娜，和一位自称是其保护者的高里。一如往常地来到以盛产章鱼闻名的海边城市，想说只需帮忙捕鱼便可免费享用章鱼美食；却因莉娜太过於热衷捕鱼，造成不只鱼群所在处，甚至连船只都遭受破坏，最後能享受到章鱼美食的只有高里……。不过这却是整个恐怖事件的起源！一食用章鱼的人就会得到所谓「只会说章鱼话」的怪病，因而高里也被传染了。但是事件演变到没吃章鱼的人也被传染怪病，灾害持续扩大；听说高里深陷危机而前来帮忙的杰路刚帝士和阿梅莉亚也被传染，甚至连唯一的救星莉娜也无法幸免……。被封印住的魔族即将复活，人类灭亡的末日可说即将来临！莉娜她们能拯救这个世界吗？还是可以吃到美味的章鱼呢？ 　　本作以TV系列的角色（高里、杰路刚帝士、阿梅莉亚和杰洛士）为主。莉娜的服装也是以TV系列为基准。另一方面，开头的BGM是继承自剧场版系列。