该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........

故事背景设定在以现实世界为基础所衍生的架空世界，叙述日本在津轻海峡另一侧的北海道遭到占领，形成南北两侧对立的舞台。 1945年，苏联背弃日苏中立条约，于十月攻占北海道。日本恢复主权后，北海道也被改名为“虾夷”，归入苏联的体制之下。1965年赫鲁雪夫在第二十届共产党大会上宣布统合苏联、东欧与西亚所有共产主义国家的统一政体“联邦国”诞生。 1960年代后半，虾夷内部民族主义运动高涨，为了因应这个情势，联邦国于1975年与日本断交，使日本南北分裂情势延续至今。 联邦国在虾夷上建造有着高度直达云端、被称为“联邦国巨塔”的神秘建筑物，该神秘巨塔因此造成美国与联邦国的军事冲突点。

　　一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代 表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！ 　　那个男人再次出现在柯南的面前？柯南能守住宝石吗！？……然后？ 　　当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起，并且肆意推理基德会从房顶来；这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟芬王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？

继圣母在上第一季大受欢迎后，日方再接再厉，推出该动画的第2季，继续讲述淑女们在莉莉安优雅的生活。到底佑巳和祥子她们的关系会怎样发展？我们拭目以待。

　　一天，二十多岁的新人漫画家西在电车上遇到了青梅竹马的弥，她正在被黑社会追杀。西送弥回家，途中得知了弥已经有了婚约。 　　在她们家的烤肉店，弥的未婚夫来到店里，虽然嫉妒，但西自认比不过他。这时，黑社会也来到店里，打晕了弥的男友并要强奸弥，而西此时蜷缩一旁不敢动弹。黑社会发现了一旁的西，用枪爆了他的屁眼。 　　死去的西来到天堂，遇到了一个非常kuso的上帝，他燃起了生的希望，并且最终成功地死而复生了……