这是关于某一兄弟和妹妹与突然来访的企鹅还有这个世界的过去未来的故事—— 为了救下患病的妹妹·阳毬的性命，高仓家的双胞胎兄弟冠叶和晶马遵从谜之企鹅帽的命令寻找「企鹅罐」。相信这是自己的命运，将写在日记里的事情实现下来的荻野目苹果。为了开创新的为了而想拿到苹果的日记的夏芽真砂子。为了取回重要的命运之人而想达成目的的多蕗桂树和渡瀬真悧。 他们都在为了各自的命运和重要的人而追寻着「企鹅罐」。 在那10年后—— 冠叶和晶马乘上曾改变命运的列车，从命运的终点站回来了… 被谜之婴儿企鹅所指引冠叶和晶马来到有着满是巨大书架的不可思议的图书馆。 「欢迎你们，命运的孩子们！」 突然，书架散开，头戴着企鹅帽的少女出现在两人面前。 「这是你们的故事」 从自称图书馆的管理员荻野目桃果手中得到一本书以及给予两人“重要的使命”。 「一定要在某人做出些什么前告知你们。找出自己该做的事情，然后拯救世界！」 那么冠叶和晶马到底能发现什么呢…！？

2011年にテレビ放送された幾原邦彦監督によるオリジナルアニメ「輪（まわ）るピングドラム」のテレビシリーズ全24話を再構築し、新作パートを追加して前後編で劇場公開する2部作の後編。高倉家の双子の兄弟・冠葉と晶馬が病気の妹・陽毬の命を救うために謎の「ピングドラム」を探す物語を描きつつ、新作パートには子どもの姿の冠葉と晶馬が登場し、プリンセス・オブ・ザ・クリスタルに似た衣装をまとった荻野目桃果や、新キャラクターである謎の赤ちゃんペンギン・プリンチュペンギンと出会う。さらに実写映像などの新たな要素も加わり、テレビシリーズとは異なる視点で物語を描き出す。