故事发生于普遍使用“辉砂”以及其结晶体“辉石”作为动力的城市·玛姆盖斯提尔。 运用辉砂与辉石、以咒语或旋律来发动魔法的少女被称为“魔女”，进行着歌唱活动以及驱除怪兽，被人们所敬仰着。 晓之魔女所创设，齐聚了见习魔女们的学校，芙劳拉女子学院。 梦想成为出色魔女的少女·缇亚拉来到了这所学院的门前。

近未来的地球——人类因为一种被叫做HUGE的神秘生命体的出现而面临灭绝的危机。 世界豁各国为对付HUGE而合作制作出决战兵器CHARM，使用这些武器、被称为Lily的少女们为保卫世界持续地战斗着。世界各地设立的Lily培训机构“Garden”成为了对抗HUGE、守护人们的据点。 在众多的Garden当中，入读被誉为名门的百合丘女学院的一柳梨璃，和邂逅的伙伴们组成了一柳队，为执行任务而前往东京。以此为契机，鲁德比克女学院、爱伦斯基女学园、神庭女子艺术高校、御台场女学校、相模女子高等学馆，以及百合丘女学院的命运开始交错……

突如出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。 ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。 遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、 再び結成される第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」、 新たな501メンバーとして「服部静夏」も加わり ネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！ 果たしてベルリンの空を開放する事は出来るのか！？

位于东京台场，拥有自由校风和多项专科的人气高中「虹咲学园」。对学园偶像的魅力感到心动的普通科2年级高咲侑，和儿时玩伴上原步梦一起敲响了「学园偶像同好会」的门。 有时作为对手，有时作为同伴，胸怀各自的心意，每天展开活动的成员们。 「如果能够为追逐梦想的人加油的话……。」 9名与1名少女所编织的，第一次的「大家实现梦想的故事（School Idol Project）」。传达到吧！我们的心动——。 现在，再一次追逐梦想吧！