2120年、東京。シビュラシステムによって管理された社会で、刑事課一係を率いて事件を解決してきた二人の監視官、慎導灼と炯・ミハイル・イグナトフは、事件を捜査していく渦中で真実と正義を巡り決裂してしまう。 それらの事件の裏で暗躍する梓澤廣一は、ついに刑事課そのものを標的に定め、公安局ビルを襲撃する。かつてない窮地に立たされた公安局刑事課一係。灼と炯の信義を問う、最後の事件が起きる――

原作第5巻に描かれているエピソードを、2021年1月からのTVアニメ第2期での放送に先がけて劇場上映する「『はたらく細胞!!』最強の敵、再び。体の中は“腸”大騒ぎ！」は2020年9月5日より全国の劇場で公開。 そこは人間の体の中――。 たくさんの細胞たちがはたらいている世界。 ある時、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。 乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へと向かうことに。 だが、そこに待ち受けていたものは、望まざる最強の敵との再会だった。 「僕とキミたちのどちらが正義か、はっきりさせよう」 再び現れたがん細胞。そして悪玉菌により荒らされる腸内環境。 体内はかつてない大ピンチに!? 「やめるんだ、がん細胞──！」 この世界を守るため、白血球（好中球）たちは世界の命運をかけた大血戦に挑む！

春季的高中排球宫城县预选中，在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。就在他们为全国大赛做准备的时候，传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战！

春の高校バレー宮城県予選、烏野高校は白鳥沢学園高校との激闘を制し全国大会出場を決める。 一方、東京都代表決定戦は、音駒高校、梟谷学園高校、戸美学園高校、井闥山学院高校の4校によって3つの代表枠を争っていた。 音駒高校は激戦の東京都予選で代表枠を勝ち取ることができるのか？そして烏野との「ゴミ捨て場の決戦」を全国の舞台で実現できるのか？ 東京都代表決定戦、開幕——!!

2045年。全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入した。だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感できるまでには衰退の進んでいない近未来――。 内戦・紛争を渡り歩き、廃墟が横たわるアメリカ大陸西海岸において、傭兵部隊として腕を奮っている全身義体のサイボーグ・草薙素子とバトーたち元・公安9課のメンバー。電脳犯罪やテロに対する攻性の組織に所属し、卓越した電脳・戦闘スキルを誇っていた彼女らにとって、この時代はまさにこの世の春である。そんな草薙率いる部隊の前に、“ポスト・ヒューマン”と呼ばれる驚異的な知能と身体能力を持つ存在が突如として現れる。彼らは如何にして生まれ、その目的とは。大国間の謀略渦巻くなか、いま再び“攻殻機動隊”が組織される――。