在纷乱嘈杂的现代化城市——东京，蔓延着一种吞食死尸的怪人，人们称之为喰种。那一日，金木研——上井大学的一名普通学生——遇上了某位神秘女子，进而卷入了一场迷之事故。自此，充满波折的命运齿轮开始转动了……

　　在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。

自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。就在此时，曾对奈斯开枪的亚特，却突然出现在他们面前。亚特心中究竟抱持何种打算？

　　主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川唯的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天秋山奏就加入了天文学会，然后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……

前回の大会を経て、更に絆を深めた遙、真琴、渚、怜。 いつもと変わらない日常の中、それぞれの成長した姿を見せていた。 一方、凛は過去の自分を乗り越えて自分の夢へと走り出し、 そして新たな仲間と共に最高のチームを作ることを目指す。 岩鳶と鮫柄、仲間と水泳……そして彼らの未来。 彼らは自分自身と向き合い、それぞれの思いを胸に秘めながら、 新たな夏を迎える――。

個性豊かなアイドルたちが、活躍しているアイカツ！の世界！ 中でも『スターライト学園』の星宮いちご、霧矢あおい、紫吹蘭は、切磋琢磨しながら成長し、いまやあらゆる場所で才能を発揮するアイドルとなった。 そんな華やかな先輩たちに憧れる新人アイドル――『スターライト学園』の大空あかり。 これからあかりを待ち受けるのは、新しい仲間やライバルとの出会い、そして様々なピンチとチャンス！　今ここに、あかりの汗と涙のアイカツ！がスタートする！