一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾，恐怖的经历就此展开.. 数日后，接连发生的机械人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡，刑事久住武史和助手秦真一郎开始调查此案。在调查过程中，心不在焉的真一郎认识了岬冴子，对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着，不仅是机械人，连普通人也有数人死于非命，而且在东京湾内，渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后，两位刑事赶到基地，却被一只巨大的怪物追击而险些丧命。 此时，东都生物医学研究所的所长似乎知道整件事情的来龙去脉，而久住武史和秦真一郎也追查到了这里，他们发现岬冴子原来是这里的研究员，她的可疑之处颇多，而真一郎也了解到冴子悲惨的过去。 经过努力，案情基本得到确认：怪物是实验室的样品，代号是“13号”。为了消灭怪物，各方决定协同作战，并由特车2课第2小队实行消灭任务！当13号落入圈套时，冴子也选择了结束生命，而真一郎却无法阻止这一切的发生......

若干年前，陆上自卫队某战车小队在东南亚某处遭遇袭击，除队长柘植行人外，全军覆没。 时间又回到今天，海湾大桥突然爆炸，民间一度陷入恐慌。一位名叫荒川茂树，自称是自卫队调查部的人找到后藤与南云，告诉他本次事件的真实情况是由不明身份的战斗机发射导弹袭击大桥所致，同时他认为已经失踪许久的柘植行人是最大的嫌疑犯。正当后藤他们拜托松井协助调查的时候，日本各地却纷纷出现空袭的虚假警报，其目的大都是东京圈。为此军队与警察等部门也陷入了彼此对立、不知所措的困境中。为了防范未然，政府调动部分忠于自己的自卫队进驻东京。 在松井不懈的努力下，终于查到柘植行人的蛛丝马迹，南云亦已察觉到这个昔日的恋人正是此次动乱的策划人。不过由于荒川的参入，柘植行人没有再与南云接触，他彻底消失在了夜幕中。 恐怖的前兆终于发生：东京的通讯系统突然完全瘫痪，驻扎在市内各处的部队也变成了如盲人般，根本无法有效行动。而此时，满载着毒气的巨大飞艇正在接近这个不设防的城市.....