一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾，恐怖的经历就此展开.. 数日后，接连发生的机械人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡，刑事久住武史和助手秦真一郎开始调查此案。在调查过程中，心不在焉的真一郎认识了岬冴子，对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着，不仅是机械人，连普通人也有数人死于非命，而且在东京湾内，渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后，两位刑事赶到基地，却被一只巨大的怪物追击而险些丧命。 此时，东都生物医学研究所的所长似乎知道整件事情的来龙去脉，而久住武史和秦真一郎也追查到了这里，他们发现岬冴子原来是这里的研究员，她的可疑之处颇多，而真一郎也了解到冴子悲惨的过去。 经过努力，案情基本得到确认：怪物是实验室的样品，代号是“13号”。为了消灭怪物，各方决定协同作战，并由特车2课第2小队实行消灭任务！当13号落入圈套时，冴子也选择了结束生命，而真一郎却无法阻止这一切的发生......

1999年10月～2000年3月までＴＢＳにて深夜放送された『ＢＬＵＥ ＧＥＮＤＥＲ』が装いも新たに登場！TVシリーズでスーパーバイザーを務めた大畑晃一氏を監督に迎え、全26話を再構成、新作カットを追加し、TVシリーズとは違う『ＢＬＵＥ ＧＥＮＤＥＲ』の世界を構築した『ＢＬＵＥ ＧＥＮＤＥＲ ＴＨＥ ＷＡＲＲＩＯＲ』。TVシリーズよりもミリタリー色が強くなり、濃厚になった戦闘シーン。TVとは違ったラストが展開されます。また、音声も新録され、TVではセリフの無かったキャラにも声が！

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。 但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。 在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......