时间是征历1935年。 欧洲大陆已分裂为东西两个大国。 为了争夺矿物资源・拉格那特展开势力斗争的君主专制国家「东欧帝国联合(通称・帝国)」和废除王政的共和国联邦国「大西洋联邦机构(通称・联邦)」，两国即将开战。 战争蔓延到了武装中立的小国加利亚公国，在国境的小镇・布鲁鲁相遇的少女艾利西亚和青年维鲁金发誓「一定要回到故乡」，并决意加入义勇军的队列。 隐藏在传说「达鲁库斯的灾难」的事实和被谜团包住的女武神的秘密是……
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
在计算机宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩剎车的阿阳，与有着沟通障碍、计算机知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM……！
