《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
三毛和他的小伙伴小拉里、巧巧乘坐飞机去旅行，稀里糊涂地闯入了童话王国。就在他们欣赏美丽的沙漠风光时，三毛等人遭到了一个不明身份的小坏蛋——小旋风的袭击。小旋风刁钻古怪，而且似乎刻意针对三毛他们，用法术破坏了他们的飞机。 三毛等人不得以迫降在了沙漠上。路上，三毛他们救了一个热衷魔法的小朋友——小怪怪。为了感谢他们，小怪怪的爸爸邀请他们去他家做客，三毛等人来到了幸福城，一座全用木头搭建的城市。 但是很奇怪的是，在这座完全依赖树木生存的城市里，人们却只砍树、而不种树。三毛看不过去，说出了自己的想法。不可思议的是，在幸福城宣传环保是违法的，三毛被捕，被关进了一所奇怪的监狱，并且面临着和大力士的一场的比赛。毫无胜算的三毛，在森林精灵的帮助下最终逃脱厄运。这时候，三毛发现，他们所有的麻烦都和那个小旋风以及他的主人风魔有关。 为了打败破坏森林的风魔，三毛等人决定进入魔法学校学习法术。经过一系列的考验和磨练，他们终于在神奇的“仙宫”学习了怪诞的法术。但是，与风魔的斗争仍然是充满磨难的。 一路上，三毛他们遇到了神秘的沙漠公主、奇异的森林精灵，进入了幽深莫测的藏宝洞、充满艰险的风魔宫，认识了新的朋友，也面临了新的考验，在一片神奇的土地上展开了崭新的冒险……
该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
