《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
随着伍六七回到玄武国寻找他的身世，亦引起了七大暗影刺客的追捕。然而每一位暗影刺客都带着不同的目的和不同的过去，青凤的阴谋也在此浮出了水面。而此时等待着小鸡岛上的人民，又将是另一个危机，伍六七将如何面对他的抉择？
在异世生存十年的幸存者左天辰去回到了一切悲剧开始的那天； 外星生物入侵，携带细菌武器而来，四处攻占人类家园，地球上的人们都被细菌所感染。 左天辰知道，未来的时光会无比的艰难，但为了前世的伙伴和亲人他必须活下去，并且变得更强来保护和拯救身边的人…… 这一次，我要弥补所有的遗憾，这一次，我要守护家园！
第一集《谁毒害了大黄狗》 第二集《夜半呼救声》 第三集《警长遭窃》 第四集《紧急抢救》 第五集《抓不住的凶手》 第六集《假戏真做》 第七集《惨案发生以后》 第八集《森林饭店的灾难》 第九集《失踪的纽扣》 第十集《紧急行动》 第十一集《可怕的伐木声》 第十二集《外星人抢劫案》 注：第二部与第一部的黑猫警长造型不同。第二部警长脸部全黑，身穿红色警服。他的手下们也由第一部的白色制服改成黄色制服。
