故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
无论外表还是内在，相川步（间岛淳司 配音）都只能说是一个平凡无奇的普通少年，然而，一次诡异的遭遇却彻底改变了他原本波澜不惊的生活。社会上流传着令人闻之色变的连环杀人案，相川步做梦都没有想到，某一天，他会和这一案件扯上关系，而在案件中，他的身份是“被害者”。 本以为短暂的一生就此走向终结的相川步眼前出现了名叫优（月宫绿 配音）的神秘少女，正是少女的力量令相川步获得了起死回生的“特殊待遇”，然而，尽管相川步回归了人间，但他再也不能够重新做回人类，而是变成了僵尸。就这样，相川步被卷入了魔法少女和吸血忍者们所构成的奇异世界之中，会有怎样的故事在等待着他呢？
在一个远离都市喧嚣、为青山绿水所环绕的乡村，当地的旭丘分校仅有四名学生。越谷家的兄妹三人，分别是中三的卓、中二的小鞠（阿澄佳奈 配音）和中一的越谷夏海（佐仓绫音 配音），另有宫内家的小女儿小一的莲华（小岩井ことり 配音）。莲华的姐姐一穗（名冢佳织 配音）是分校的唯一教师，因学生稀少，因此四人和在一个班，日常课程也全部以自习为主。在某个晴朗时节，正读五年级的东京女孩一条萤（村川梨衣 配音）因父母工作的关系搬到旭丘。对喧哗吵闹的都市节奏习以为常，风格迥异的乡村生活带给萤萤前所未有的新奇体验。虽然有着诸多不便，但在这个时间仿佛凝滞的所在，悠然自得的好心情慢慢升起…… 本片根据あっと的同名漫画改编。
