夫妇以上，恋人未满

事舞台为现代的日本，政府成立了“国立半藏学院”来培养“善忍”来对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”。主角为“国立半藏学院”的五位华丽多姿（欧派很大）的 穿着并不像忍者的女忍者：飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，宿敌为被称为“秘立蛇女学园”的以焰为首的“恶忍”五人组:焰、咏、日影、未来、春花。

奈基虽然还只是一个十岁的少年,但是他已经是英国国立魔法学校的优秀毕业生了.以成为出色的魔法使为目标的奈基,为了完成毕业论文而来到麻帆良学园担任女子中等部二年A班的导师.刚来报道的第一天,温和的奈基就不幸的惹到了班上活泼脱线的女生神乐坂明日菜,虽然他小心翼翼的保守自己会使用魔法的秘密,但是一次为了救班上的图书管理员宮崎のどか同学,不小心被神乐坂明日菜看到,并且因为意外KISS而与之结下契约,成为魔法使从者.奈基和神乐坂明日菜等31位女生的笑闹校园生活从此揭开了序幕……

那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。                                                                      　　流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。                                                                      　　取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶紧随其后，抵达了天空演舞场遗址。                                                                      　　与此同时，在卡美洛城中，决定成为新魔神王的梅利奥达斯，在暗黑领域的茧中逐步获取戒禁。                                                                      　　为了拯救梅利奥达斯的灵魂而将自身投入炼狱的班，徘徊于常人决无法存活的瘴气当中。                                                                      　　逐渐明朗的艾斯塔罗萨的真正身份。崩坏的高瑟之禁咒。纠缠在一起的思绪将去往何方……                                                                      　　真正的敌人是谁？应讨伐之人为何物？                                                                      　　对抗“永远的生与永劫的轮回”这一命运，而持续了3000年旅程的梅利奥达斯与伊丽莎白。两人的旅途将会迎来怎样的结局——

从乡下转学到都市学校薰风高校的小山田耕太，在转学首日被传说中学校第一美少女源千鹤叫出去，受到她的热烈告白，同时得知她不为人知的秘密。从那天起，妖怪(千鹤)和人类(耕太)间便开始了热烈的交往。

日本出生的少年人星矢，为寻找失散多年相依为命的姐姐星华，毅然前往希腊圣域接受成为圣斗士的艰苦训练，为要在银河擂台赛中夺冠并获得黄金圣衣。在比赛中，星矢与紫龙、冰河、瞬及一辉发展出一段至死不渝的友谊，并发现了一段13年前教皇的秘密…… 13年前，黄金圣斗士人马座艾奥罗斯救出正在被教皇下手杀害的女神雅典娜的转生女婴，并在临死前将女婴及黄金圣衣托付给日本人城户光政。城户光政为把黄金圣衣交托可以信赖的人，就把100个小孩（漫画版是城户光政与99个女人所生的小孩，动画版却是100个孤儿）分别送往世界各地接受圣斗士的训练，藉银河擂台赛将圣衣交予冠军人选，而女神雅典娜就正是城户光政的孙女城户沙织…… 故事中，十分强调对信仰的忠诚，以及无私奉献的友情，并强调由此信念而生的“小宇宙”之燃烧，是击破一切黑暗势力的神秘力量泉源。

　　此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为了找到伤害朋友的真正凶手，他们四处追查对方的藏身之地，在这一过程中结识了美丽神秘的少女小列，同时遭到一群死亡人偶的攻击。另一方面，西索（浪川大辅 配音）突然现身酷拉皮卡和雷欧力面前，向他们揭示了凶手的真实身份。盘根错节的恩怨，拉开了一场惨烈战斗的序幕……
　　本片根据漫画家富樫义博的同名原作改编，为该动画的首部剧场版。