神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
金阳原本是一个普通少年，有不少小毛病，但他有十分积极的心态、助人为乐的品格和不怕困难的勇气。一个偶然的机会，他参加了武当山太极学院夏令营，认识了年纪相仿的朱焰、蓝岳等人。校长静虚发给孩子们一些神奇的校徽，据说它与太极能量——元力息息相关。不料，此事被武当的千年对手影山得知。影山尊者发誓夺下武当山，派出手下不断刺探消息，骚扰攻击太极学院。金阳、蓝岳、朱焰等七位少年运用所学的知识，修炼的能量和“千年水滴”赋予的元力，与影山斗智斗勇，大家共同成长，逐步激发了内在的天赋，成为七彩“虹少年”。最终，他们和老师以及校长齐心合力，开启了真虹灵柱的能量，战胜了来犯的影山。
我是谁？我在哪？我在做什么？ 等等！盟主大人！快住手！！ 我真的……不是教主啊！ 江湖上都以为魔教教主是女的，谁知道教主还能暗搓搓开后宫？！
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
