神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
正魔大战已过去十年，张小凡化身鬼厉，在魔教内斗中征伐四方。此时死亡沼泽异宝出世，引得各方势力争夺，鬼厉与陆雪琪重逢，两人陷入了更深的爱恨纠葛。后鬼厉因下属失踪一事追查至焚香谷，意外救出九尾天狐小白，获得古巫族线索，最终鬼厉在历经九死一生后，终求得掌握招魂奇术的大巫师答应前往救治碧瑶，十年夙愿，究竟结果如何……
古神之地后，修魔内海永夜魔城一夜崛起，为拓展领地，不断对修魔海周边宗门下手，其中也包括了李慕婉所在云天宗。李慕婉在护门大战中身中奇毒，性命攸关，王林得知此事后，携其再次闯入修魔内海，王林以化神初期修为力战三大城主，名震修魔内海，带回解药救下李幕婉，却发现危机并未解决，千年阴谋浮出水面。最终凭借二人情愫及化神后首次与古神之身合体，联手斩灭魔尊。
