神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
罗峰背负超凡的责任，正式踏足武者世界，与众多高手汇聚一堂，组成战队再上征途，保卫神州。一路修行，挡我者一战便是。
故事发生在科技发达的未来世界，一种名为GGO的迷你足球机器人风靡全球，每一个机器人有一个操纵者，操纵者可以操纵这些机器人进行激烈的足球比赛。高迅的父亲是一名科学家，致力于GGO的研发，在机缘巧合之下，高迅得到了全世界独一无二的第七代GGO潜龙，高迅决定组建一支名为“赤足队”的球队，去赢取世界冠军的头衔。 个性冷静沉默的混血儿奥尼、高迅的青梅竹马的玩伴，坚韧不拔又积极乐观的花王、虽然没有什么雄心壮志但善良乐观的肥宝，大大咧咧不拘小节的猫猫，在高迅的号召下，他的朋友们纷纷加入了战队，大家齐心协力，向着梦想出发。
在剧中，原来砍伐树木的光头强变身成为一名导游，在熊大、熊二的帮助下，去往森林深处找寻儿时玩伴东北虎，但不料森林里蜘蛛、毒蛇、反派与陷阱等危机四伏，让找寻变得困难重重，而新加入的女性角色鬼马精灵赵琳，又让这段冒险旅程更加刺激精彩。众人齐心协力，在艰难险阻中一路向前，给人以出乎意料的想像空间与观看感受。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
在马兰山下，有一对孪生姐妹，大兰和小兰。大兰懒惰而整天与老猫玩耍，而小兰则因勤劳嫁给了山上的青年马郎，共同过着幸福的生活。然而，山上有只老狼一直渴望得到传说中的马兰花，为了过上不劳而获的生活。当小兰和马郎回家看望父母时，她们带来了丰富的礼物。大兰嫉妒之心油然而生，误会小兰头上戴的小花是传说中的神奇马兰花。大兰决定争取这朵花，以实现自己的愿望。 在老狼和老猫的怂恿下，大兰展开了一场争夺马兰花的行动。不幸的是，在这个过程中，由于大兰的贪婪和不顾后果，小兰不慎掉入河中。大兰意识到自己的错误，感到愧疚和内疚。当马郎出现时，大兰无奈地冒充小兰，一同登上马兰山。在这次冒险中，她经历了风吹雨打，历经千难万险，最终获得了传说中的马兰花。有了这朵神奇的花，她希望能够实现愿望，让妹妹“活过来”。
周元为提升实力，决定和夭夭、吞吞前往圣迹之地夺取大机缘。路上偶遇万兽王朝的小郡主绿萝、剑王朝的剑瞎子李纯钧、左丘家族的妖女左丘青鱼等天骄，结为好友。
同时，周元的“一生之敌”、“蟒雀吞龙”的“蟒”、大武太子武煌，也来到圣迹之地。双龙相会，风云变色。
圣迹之地的造化之争开启，周元与小伙伴们一起挫败了东玄大陆的阴谋，并在随后一对一的战斗中，怒战仇敌武煌，夺回原本属于自己的圣龙气运。周元还遇到了苍玄老祖的残影，得知了过往渊源。
周元赢得造化之争，并选择加入苍玄宗。与一众好友告别后，周元和夭夭、吞吞一起踏上前往苍玄宗的征途。
在西天取经后的十六年，为了抢夺奇经，一群神明打破了平静，机缘之下的狼少年加入原西行团队，命运的轮盘就此转动，重返十六年的西行之路正式开启，这一次冒险是为了最初的那个梦。
