神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在繁华都市的某个角落，有一家叫做“时光照相馆”的小店还在照常营业。虽然门庭冷落，但它背后其实由两个具有特殊能力的男人——程小时和陆光经营着。为了完成顾客的委托，陆光和程小时组队配合使用超能力进入照片，然而事情的发展却没能按他们所想的那样……
性格机灵的初中生英男偶然得到一枚星环，并从中得到神奇的力量，借星环之威表现出超人的能量。发现星环神奇能力的英男和同学们一起开始探索星环的奥秘。英男等人在探索过程中发现星环不仅使自己变得强大，更能发挥出不同的特殊技能，同时他们还发现了奥加要毁灭地球的计划，英男决定接受命运的挑战，担负起保护地球的重任，成为真正的守护者。
大启泰顺年间，太子封瑾琰常年卧病药石罔效，皇帝别无他法请国师伍年行招魂之法。却没想到伍年招来的，是九百年前开国太子封无豫的魂魄。随着种种事件的超能展开，一场延续了900年的覆国阴谋逐渐浮出水面。
