《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
故事讲述阿凉和阿妹来到了白豚湾小表哥家。这里有奇幻的秘境森林、美轮美奂的海底世界，还有传说中的海珠神女和神奇的海灵珠。在一场神奇的冒险中，他们不光要面对海底的未知生物，还要对抗窃取海灵珠的黑商。当白豚湾遭遇大危机时，阿凉凭借着凉帽魔法和同伴们一起战胜了黑商和海巫，度过了一个惊心动魄的假期。
强红线仙组合强势回归，帮助“下沙篇”主角梵云飞、厉雪扬寻找失落的记忆。
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
