自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
《咕噜咕噜魔法阵》讲述了一个这样的故事：在吉姆吉姆大陆上的一个小村庄吉米拉村，有一天，国王颁布了勇者召集令悬赏，如果有人能够消灭魔王将会得到五万R并且能够成为哥达国的王子。仁杰的父亲发现了召集令，为此训练他的儿子、强迫儿子成为勇者踏上旅程。吉米拉村有着旅行前不得不去拜访 魔法婆婆的规则，按照这个规则，仁杰到达了魔法婆婆的家，勇者被命令和能够使用咕噜咕噜魔法的米古米古族人歌莉一起踏上旅程。然后被国王认同是勇者的仁杰以打倒企图征服世界的魔王纪力而和歌莉开始了旅程。
时间要追溯到一千八百多年前，与我们所熟知的实际的中国历史不同的、另一个时空下的幻想古代中国（扯）。那里，是很多英雄争夺霸权的战乱世界。与这样纷争的时代相抗衡的，有一个被成为“深红的武士”的义贼在孤独的战斗着。他的名字叫做陆逊伯言。与老师诸葛孔明一起周游列国的他深深的在为这个悲凉的世界而担忧着…… 某日，陆逊与孔明一起卷入到了江东小霸王孙策率领的吴军和大陆最大势力的魏军的战斗中。对於弱小的吴军而言，魏军拥有压倒性的兵力，谁都不会怀疑魏军会在战争中取胜。然而，为了取得战争的胜利，孙策使用被封印的“力”。在凶猛同时不祥的“力”的波动下，陆逊被封印起来的记忆觉醒了！那是因为孙策力量的来源正是陆家代代相传的“玉玺”，他杀掉了陆逊的父亲强行将“玉玺”掠夺到手。 一切纷争的元凶就是“玉玺”！而那个“玉玺”正是陆家代代相传并保护着的东西！面对踌躇的陆逊，孔明说出了令人感到悲哀的离别的话语：“去为吴效忠”……对於陆逊而言，老师孔明就是他的全部，在这个战火纷飞的世间，老师一直守护在自己身旁，为何，却又要让自己去投奔杀害自己父亲的敌人？！满怀不解的陆逊随即也踏上了前往吴国的旅程……
「我舞故我在」非洲西部的天空神Onyankopon利用歌舞来拯救女高中生！
