自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
私立樱才学园本是一所女子高校，然而，在社会大趋势的冲击之下，校方决定打开大门，迎接男生们的到来。第一年，学校录取的男生仅有区区二十八人，他们所要面对的，是泱泱五百二十四位“如狼似虎”的女生们。津田隆利（浅沼晋太郎 配音）就是这二十八人中的一员，机缘巧合之下，他误打误撞加入了学生会之中。 外表端庄秀丽，却有着极大脑洞和极强妄想能力的学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）、个性成熟可靠但有时候会语出惊人的七条天空（佐藤聪美 配音）、智商超哥但个性如同小学生一样傲娇的荻村铃（矢作纱友里 配音），在三位古灵精怪的女孩子的陪伴下，津田的校园生活正式拉开序幕。
以平安文化与电脑机械交织的异世界·电祇平安京为舞台的异世界战斗动作作品。因意外事故而转移到电祇平安京的叛逆高中生·业平猛，在遇到多次出现在梦中的神秘少女·月宫后，却被名为怨人的怪物夺去了生命。然而下一刻，猛再次在电祇平安京醒来。意识到自己进行了时间跳跃的猛，猛为了抵抗月宫死亡的未来，决定向安倍晴明学习阴阳术，作为阴阳师而战。
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
