自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
在2022年，未来战争的硝烟弥漫，人类幸存者与无尽的机器大军之间的对抗已持续数十年。1997年，被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，宣告了对人类的战争。为了改变人类的命运，一名士兵被送回过去，她的任务是在危机前保护科学家马尔科姆。 马尔科姆（安德烈·霍兰 Andre Holland 配音）致力于研发一种新型人工智能系统，旨在对抗“天网”即将发起的攻击。然而，面对技术带来的复杂道德困境，他不仅要全力以赴推进研究，还必须躲避来自未来的无情杀手的追击。随着危机的加剧，他的三个孩子也深陷其中，命运因此被彻底改变。士兵与科学家的命运交织在一起，生死存亡的抉择将决定人类未来的走向。在这场时间交错的斗争中，士兵和马尔科姆必须克服内外的重重障碍，寻找希望的火花。只有团结一致，他们才能在这场生死较量中逆转历史，改变未来的命运。
在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。 很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。
所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协会抹杀的强者——杰德（中村狮童 配音）。满怀怨念的杰德不惜将灵魂卖给恶魔，并带着遭受了同样命运的暗影部落幸村者向猎人协会展开复仇。 怨和慈悲的对抗，光明和黑暗的角力……
沙夏与桂木华成为了新的一组拍档，并为寻找行踪不明的原始元素回路之一——"雷之携香女"而女装潜入了私立女子学校·翠玲学园。在华的帮助之下，沙夏开始调查起了学园中女学生们的圣乳。但是翠玲学园的"姊妹会"会长·濑田深雪对沙夏起了疑心，向他提出了决斗要求…。
