故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
故事发生在氛围轻松制度宽松的七森中学，为了打发无聊的课后时光，个性天真单纯的少女赤座灯里（三上枝织 配音）伙同童年好友岁纳京子（大坪由佳 配音）与船见结衣（津田美波 配音），利用荒废已久的茶道社组成了一个名为“娱乐部”的活动社团。之后，又有表面善良内心却极为腹黑的女孩吉川千夏（大久保瑠美 配音）在误打误撞之中加入，就这样，这个山寨社团的四人小组成立了。 在这个没有正式申请的社团中，每天都发生着欢乐又爆笑的日常，可是没过多久，娱乐部的存在便被学生会发现了。作为副部长，杉浦绫乃（藤田咲 配音）怎能对此坐视不管？在娱乐部和学生会之间，一场轰轰烈烈的猫鼠大战开始了。
田中幸雄（浪川大辅 饰）是一个平凡无奇的14岁中学生，如果没有那次邂逅，他也许毕生都将淹没在芸芸众生之中，留不下任何痕迹。命运的安排，让他结识了大自己两岁的海归青年南龙介（上野裕马 饰）。龙介个性张扬，对音乐有着执拗的热爱。在纽约时他曾组建一支摇滚乐队，五彩缤纷的生活和过于执着的性格让他和乐队分道扬镳。可是龙介最终找到说唱歌手千叶恒美（大畑伸太郎 饰）和18岁的贝司手平义行（野岛健儿 饰），决心再组建一支乐队追寻梦想。随着小雄和擅长架子鼓的转学生樱井裕志（奈良彻 饰），名为BECK的双主唱乐队正式结成。钟爱摇滚的男孩们朝着心中的彼岸快意狂奔…… 本片根据ハロルド作石的同名原作漫画改编。
“我和她相遇了……，和虽然可爱却很‘奇怪’的学姐！” 非常喜欢变戏法，却因为怯场而导致失败率100%！？ 被这样的“学姐”强行要求加入魔术部，结果还被当成“助手”使唤……。 把街头艺人姐弟“阿咲”和“阿正”以及化学部的“斑”都给卷入其中， 学姐今天也精神满满、稍微带些色气地大失败！ 画面太美不敢看但还是想看的笨拙戏法搞笑动画！
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。 吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。 警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……
