故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
距今大约3万年前，地球上生活着两个高等民族——穆族和亚特兰蒂斯族。穆族人民热爱和平，以大白鲸作为图腾；亚特兰蒂斯族则以老鹰作为图腾，争强好胜，好勇斗狠。随着科学的高度发达，优渥的生活条件渐渐无法满足亚特兰蒂斯人的贪婪欲望，他们向穆族发动战争。为了避免地球灭亡，穆族和对手达成协议，即亚特兰蒂斯族从此迁至外太空，自己这一方则沉入大海，还地球以和平。 1982年，天现异相。因能源缺乏，亚特兰蒂斯族大太空大军重新飞还地球。与之相对，穆族预言者拉姆（武岡淳一 音）将大脑与大白鲸相连，构成一个强大的超级兵器。同时他们还集结了白银剑、白诚让、白鸟丽、白风信和白川学5位转生的穆族勇士。绵亘3万年的战争即将再次爆发……
戎崎裕一（铃村健一 配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希 配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明 配音），除此之外，裕一还遇见了那个改变了他一生的少女。 少女名叫秋庭里香（高桥美佳子 配音），患有先天性心脏瓣膜不全症她是医院里的“常驻人口”。对于外面的陌生世界，里香充满了好奇，而裕一的到来无疑为她打开了一扇通往新世界的大门。尽管里香任性又傲娇，但裕一还是渐渐地喜欢上了这个天真单纯的少女，然而，在灰暗的过去和迷惘的未来之中，裕一能够坚持自己的选择呢？
这是史上第一个昆虫主题的超级战队！5位国王和昆虫机器人，描绘了前所未有的幻想大作。本作的重点是5位英雄全员都是国王！ 他们挺身对抗袭击地球人的“敌人・地帝国虫纳洛克” 。国王英雄们拿着作为王者证明的变身剑“王者圣剑” 和变形盾“君王武装”，乘坐名为“君王者”的机器人与敌人战斗。 而守护着五名英雄并一同与敌人战斗的是“昆虫形机器人”。 本作的机器人是昆虫型机械生命体“守护神”！ 它们是曾经保护过“地球”的守护神，国王们通过“王者圣剑” 与守护神维持沟通并借此长久守护着各自的国家。 并且当“神瓢虫”、“神蜘蛛”、“神蚂蚁”与守护神们合体后，国王们乘坐的最强机器人“君王者”诞生！ 敬请期待这些强大又艳丽的昆虫机器人们！
两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年——努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。 遷都計画が進むヴァールハイト帝国に暮らすふたりの青年―― 運送屋の仕事に励む少し臆病なイヌマエルと、 帝国の新米兵士で世間知らずのレオカディオ。 片方は大切な妹、もう片方は兵士としての未来に思いを馳せながら 帝都での日常を送っていた。 一方、帝国ではかつて世界から数多くの生物を消滅させ、 凶暴な魔物を世に放った厄災 “光”の再来が予言され、人心は荒廃。 そんな中、とある密輸事件をきっかけに、イヌマエルとレオカディオの運命、 そして帝国の歴史が激変していく。
