故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
通体雪白的鸭子先生（松野太纪 配音）有着帅气的卷毛，但其粗心脑残地毛病着实令人担忧。他住在一座热闹的大森林中，这里有丰富的水资源和茂密多样的植被，虽然充斥着狐狸、鹰、鳄鱼等恐怖的天敌，却是禽类赖以栖身的最佳场所。每天，鸭子先生漫无目的在森林中闲逛，他遇到过越冬的野鸭，并向他们学习飞翔的本领。也见识了冷言冷语的乌林鸮（小杉十郎太 配音）吓唬小鸟的情景。当然，还有号称善于捕鱼的绿鹭（下崎紘史 配音）、恋爱中却总是受挫的鸽子君、举止优雅的大白鹭（石嶋久仁子 配音）、对大白鹭崇拜得五体投地的小白鹭（良田麻美 配音）等形态和性格各异的可爱鸟类。充满乐趣的大森林，是鸭子先生的快乐家园…… 本片根据マツダユカ创作的四格漫画改编。
制作人员名单 原作： 宇河弘树 企画： 大月俊伦 笔谷芳行 监督： 森山雄治 脚本&系列构成： 月村了卫 角色设计： 中村尚子 妖怪设计： もりやまゆうじ 美术监督： 小坂部直子 撮影监督： 山越康司 编集： 小岛俊彦 音响监督： 渡边淳 音响效果： 森川永子 录音： 名仓靖 音响制作担当： 白崎惠理 音乐： 斋藤恒芳 主题歌： 林原めぐみ 本片最抢眼的是稗田家的三姐妹：长女仓子、次女柚子及幼女珠，她们是稻生神社的巫女，为了保护身为审神者后裔的天津忠寻，同时也为阻止妖魔入侵校园，而组织了「巫女委员会」。当三姊妹拿出法器施法时，真是酷劲十足呢！尤其是年纪最小的稗田珠，严肃正经的表情超可爱的；虽然她们伏魔的杀技纯属虚构，不过所使用的道具、诵唸的祝词、灵力修行的仪式等，均依照实际的神道标準作法呈现，仿如告诉观眾：除了肉眼可见的世界，还有眾多的灵与我们共存，只是平常看不到罢了。 朝雾的巫女等级与一般巫女不同，能自由自在地操纵包含阴阳道在内的各种咒语，可说是巫女中的巫女；而审神者则是负责将神灵凭依在适当的媒介上，并判别神明与妖魔的人，忠寻因为是审神者后裔，有著召唤强大神灵的力量；而故事就在正邪的对抗中展开……
面对即将展开的崭新的高中生活，个性活泼开朗的元气少女保登心爱（佐仓绫音 配音）心中充满了憧憬与喜悦，新的城市，新的环境，会有怎样有趣的故事在这里发生呢？ 一路寻找寄宿家庭的心爱不小心迷了路，误打误撞之中，她来到了一间名为“Rabbit House”的可爱咖啡馆之中，在这里，心爱结识了名叫香风智乃（水濑祈 配音）的神秘少女，这位面无表情态度相当冷淡的少女之后将成为心爱生命中十分重要的存在。原来，这间咖啡馆正是心爱正在寻找的寄宿地，在这里，她将以半工半读的形式度过她的高中三年，在此过程中，心爱渐渐发现了智乃不为人知的一面，亦开始了解这间咖啡屋的前世今生。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
