故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
曾经，埼玉（古川慎 配音）只是一介平凡的上班族，某日，在偶然之中遇见了遭到变种螃蟹攻击的少年，心中升腾起了正义之感，对其出手相救。就此之后，埼玉幼年时代的英雄梦想在内心里死灰复燃，为了变得更加强大，埼玉开始了艰苦的训练，一晃眼数年过去，他仿佛脱胎换骨般的获得了异常强大的力量，但却付出了变成光头的代价。 由于埼玉的力量实在是过于强大，无论面对如何可怕的敌人，都只需一拳就能分出胜负。之后，埼玉遇见了名为杰诺斯（石川界人 配音）的改造人，后者在领略了埼玉的绝对强大之后拜其为师。与此同时，埼玉和杰诺斯报名加入了英雄协会，成为了真真正正有名有号的英雄，就此开始了打击罪恶之旅。
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
