故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
明治时代后期。别名“不死身的杉元”的日俄战争英雄·杉元佐一，为了某个目的而前往能够发大财的北海道。在那里，有着从阿伊努人手中夺走的莫大藏金这一能够一攫千金的机会。藏金被收监于网走监狱的男人所隐匿，而24名越狱犯身上所刻的刺青则是指示其所在地的线索。此时，遭到棕熊袭击的杉元，被一位阿伊努少女所救。名叫阿席莉帕的这位少女，她的父亲被夺走藏金的男人杀害。不止如此，仿佛与杉元的行动相呼应一般，早就对藏金虎视眈眈的北方最强部队·第七师团以及背负着刺青的越狱犯们的行动也开始浮出水面。以壮阔的北方大地为舞台，这场一攫千金求生行动究竟会如何发展……！？
人类没有了咏唱，就不能使用魔术。但是，有一个少女，把不可能变成了可能。利迪尔王国魔术师的巅峰七贤人之一沉默的魔女莫妮卡埃瓦雷特。是史上第一个创造出无咏唱魔术的年轻天才。但是因为极度怕生而怯场的她，和使魔黑猫躲在深山里，被公式书包围着，静静地埋头于魔术的研究。在这样的情况下，七贤人的同事结界的魔术师路易斯米莱来访。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
BD&DVD毎巻、新作OVAを収録
主角阿人（浪川大辅 配音）是个蓬头垢面的流浪儿，然而他体内隐藏着强大的力量。城内怪异事件频发，当阿人回到家中，发现相依为命的爷爷倒地不起。失去爷爷后的阿人和被他搭救过的阿姨生活在一起。 时过境迁，阿人长大成人，在又一次杀人魔肆虐的事件中，他重遇了昔日好友天城高雅（宫野真守 配音）和天城小叶（花泽香菜 配音）。在战斗中阿人被抓走，一个追寻他多年的神秘老人向他揭开了多年来的秘密。杀人魔其实是他们开发出来的PLAYER，失控后他们又开发了对抗杀人魔的武器——Z•E•T，即阿人。他左手上的“暴走之轮”，可以将怪物强制变回原貌，阿人是作为根除杀人魔的最后希望。阿人的“爷爷”是当年的研发人之一，他一心希望阿人可以作为普通人类生活。为了保护所爱之人，阿人下定决心要成为Z•E•T…
天海护乘坐加里安在宇宙中搜索残存的佐达，但是有了意外的发现——用收集宇宙中的暗黑物质来再生三重连太阳系的parts Q Machine和执行这一行动的索鲁11游星主。在索鲁11游星主否决了宇宙和三重连太阳系共存的可能性后，护下了决心。护利用复制人和复制的加离安吸引住11游星主的主意，然后夺走parts Q machine，并把真正的加里安藏在11游星主不敢接近的G水晶里，不过复制人却被游星主俘获。 J-Ark在木星决战后被the power抛到宇宙的边缘，发现了一些不对劲的可疑迹象。调查过程中，竟然遇到了被索鲁十一游星主追击的真正的小护。小护将parts Q Machine交给戒道，告诉他不能让它落入索鲁11游星主的手中。J发射ES火箭让他们逃走，自己留下应敌，不敌被俘。从ES Window中脱出的戒道坠入地球，parts Q Machine则分裂成几个部分。 地球上，小护离开1年后，初野华在遛狗（大狗狗已经有了7个儿女，名字是星期一到星期日……）途中，意外的发现自己的心上人——天海护回到了地球。可是，他却在与戒道打斗！ 在法国巴黎市内，特殊犯罪调查官露娜•加迪夫•狮子王率领新型AI光龙、暗龙对夺取Q PARTS的犯罪组织Bio Net展开追捕。对方是外表像个机械骷髅的基姆莱特（Gimlet），它虽然没有佐达、原种那样的融合能力，但是也是个颇令人头疼的家伙。好在，3G也盯上了Bio Net，已经恢复肉身、成为超进化人的狮子王凯也来到巴黎。虽然加里安被小护带走，但是3G制造了可以蓝色战机Fantom Gao（fantom同phantom，意为“幻影”），凯与Fantom Gao融合成外形极为类似GaiGar的GaoFar，与基姆莱特展开搏斗。但是没想到这个家伙能与一些组件组合成不同样式，很是难缠，于是凯唤来Liner-Gao II、Drill-Gao II、Stealth-Gao III进行最终融合（不过审批手续比原来繁杂了，3G的新头头是个磨磨蹭蹭的面瓜老头）。基姆莱特得机器人终于在新生勇者王GaoFighGar的黄金之锤下变成了光，而基姆莱特也被露娜打爆。 不情愿变成改造人、终生都要披着了冷却外套的露娜是狮子王雷牙博士的女儿，在她冷酷的外表下，其实有着一颗受过伤害的脆弱心灵。 但是，不是只有Bio Net对Q Parts感兴趣，存放在世界各地的Q Parts的各个部件接连被盗，而罪犯竟然是小护！ “对不起……”小护的表情虽然令人怜爱，但是他所做的事却不能让人原谅，他造成了猿头寺耕助的心上人——有超感应能力的帕彼亚的死亡。愤怒的凯用GaoFighGai对一意孤行的小护宣战，而小护则使用GaoGaiGar应战。但出人意料的是，那个加里安竟然是全白的，莫非…… 连黄金之锤也不敌小护的“天与地”，凯只好在雨中与小护展开“天与地”的对决。这是勇气的决战，小护终于倒下了。戒道突然出现击倒了企图暗害凯的小护，并披露了他只是复制品的事实。但此时Q Parts组成的parts Q Machine已经启动…… 3G发现宇宙正在缩小，世界上不断出现灾难。难道，世界要毁灭吗？实际上，这是由于parts Q Machine回收了暗物质来使三重连太阳系再生造成的后果，3G决定再到三重连太阳系探险。地球方面对3G下达了放逐令，并命令风龙、雷龙等追击，可实际只是做戏。 由于没有积达王的ES火箭，3G只得借道加利安尼亚彗星的ES Window。但是好不容易穿过ES Window后，他们却发现眼前是地球！登上“地球”，却发现这里是不完全的复制品，而本应死去的帕彼亚站在大家面前。? 戒道独自展开调查，却遇到一个同样拥有J力量的人，正在惊讶时，却被那人体内伸出的一堆武器所击中（很类似金凯利的《面具》呢）……而此时基地内的其他人却沉浸在满足感之中，大河总裁甚至命令关闭所有AI，只有凯、露娜和拥有超能力的帕彼亚受到的影响最小。 凯发觉这一切都是索鲁十一游星主在搞鬼，他直接跑去挑战，见到了独眼、牙医打扮的的男子——巴鲁巴雷巴，原来是他发出的巴力斯粒子控制着人的思想。他进行化学融合成为怪模怪样的巴鲁巴雷巴PLUS，使出与“Hell and Heaven”类似的“God and Devil”。双方的威力不相上下，就在僵持时，一位游星主掀开斗篷，他竟然是加印！加印面带慈祥的笑容站在巴鲁巴雷巴的肩上，GaoFighGar一下被穿透…… 露娜来到一座坐落在孤岛的古堡，用G石解开了J的封印，却遭到了外形像蜜蜂的维拉斯（其实更像SM女王……）和绰号“死神”的皮亚戴克姆的攻击，而阿贝尔也现身了。所幸命和真正的小护及时赶到，在小护的指引下，他们找到了沉睡在地下深处的J-Ark。复活的白色方舟再次升空，而阿贝尔的黑色航空母舰皮亚戴克姆PIT则出现在他们面前。戒道并没有死，而是被红色行星J的领导者——阿贝尔俘获，成为皮亚戴克姆PIT的生化电脑，这使J不能攻击。J-Ark只得飞往宇宙，却遭到勇者军团的拦截。 在黄金之锤与J Quath的激烈碰撞之中，King J-Der渐渐不敌，J Quath消失在光芒中……但就在此时，勇者机器人们纷纷觉醒，尽管只是复制品，但是在勇气的召唤之下，他们用身躯抵挡了黄金之锤。在光芒之中，黄金之锤、还有复制的勇者机器人们，消失了…… 在破坏的GaoFighGar里，凭借勇者的呼唤和净解的咒语，凯解开了化学迷心锁。J分离出J Bird抵御皮亚戴克姆的舰载飞机，不料阿贝尔下令让戒道冻结J宝石的力量，J Bird的光之翼消失了，被皮亚戴克姆撞击钉在J-Ark上。GaoFighGar爆炸了，小护与命携带昏迷的凯乘坐Liner-Gao II来到了G水晶里。小护告诉命，加里安真正的用途是遏制三重连太阳系再生程序，也就是索鲁11游星主。只是当时由于Z主脑的攻势太猛烈，所以加里安才被用到不同的目的上。当护将Genesic力量注入加里安时，游星主们出现了，原来他们的原动力——增幅型G石在G水晶的Genesic圣光前会失去威力，而当力量注入加里安时G水晶会停止放光，因此他们才趁机进入G水晶。在索鲁Wave的照射下，G水晶破碎了。而当加印企图收回加里安时，却发现加里安选择了凯。但拥有Genesic力量的原始加里安，还是不敌游星主的合力攻击。就在GaiGar险些被巴鲁巴雷巴PLUS的刀刺中时，命在神秘声音（估计是小护的母亲）的召唤下及时发动了原始融合。“遏制再生的力量的，是破坏的力量。破坏是重新回到起点的希望，是对无限可能性的挑战。” “Genesic承认！”G水晶的碎片化成了Genesic Machines：Protect Gao、Broken Gao、Gadget Gao、Spiral Gao、Straight Gao，冲破索鲁Wave，并组成了最终勇者王•Genesic GGG，但命却被索鲁Wave击中，命在旦夕。 尽管Genesic GGG比游星主要强大，游星主也不敌原始装甲（Genesic Armor），但是不断再生的能力使得他们并未落于下风。 面对勇者们，游星主们纷纷融合，成为与勇者们针锋相对的机械。J与露娜偶然发现，在G石的Hyper Mode的感应下，J宝石能再度放出光辉，King J-Der也得以再次启动。J发誓要夺回戒道！可是皮亚戴克姆与战舰融合后，变成了比King J-Der更巨大的机器人皮亚•戴克姆PEAK。近身搏斗打不过、为了保护戒道而不能用炮击、最强武器J Quath在与黄金之锤的对决中消失，J能否取得胜利呢？一切一齐尽在第8话“神话”给大家答案巴。
