故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
大人気コミック『キン肉マン』から２０年余の時を経て甦った待望の作品『キン肉マンⅡ世』（集英社「週刊プレイボーイ」「Ｖジャンプ」連載）！！ ２００２年にアニメ化され、大人気を博したＴＶアニメーション『キン肉マンⅡ世』の続編放映が決定！！ キン肉マンことキン肉スグルの息子にあたるキン肉万太郎がテリーザキッドやセイウチン、そしてケビンと大アバレしてから１年の時を経て、 前作では放映されなかった「超人ワールドグランプリ」編である「キン肉マンⅡ世 ＵＬＴＩＭＡＴＥ ＭＵＳＣＬＥ」が満を持して登場！！ ＵＳＡで先行公開されたこの作品が逆輸入という形でついに日本上陸！ この壮大なプロジェクトにあたり東映アニメーションでは前作の気鋭のスタッフを再結集！！ シリーズディレクターに小村敏明、キャラクターデザインに佐藤正樹、総作画監督に袴田裕二、美術監督に山口昌恭を据え、 前作に勝るとも劣らないクオリティで『キン肉マンⅡ世 ＵＬＴＩＭＡＴＥ ＭＵＳＣＬＥ』を演出します。 キン肉マンが２度の優勝を飾り、伝説の幕開けともなったこのトーナメントで、果たして万太郎は結果を残すことができるのか！？ ケビンマスク、ジェイドをはじめ、イリューヒン、ウォッシュ・アス、ヒカルド、デストラクションら優勝を狙うライバルが真剣勝負のリングへとあがる…！ どんな死闘が待っているのか？ 万太郎のあの必殺技は完成するのか…？ そしてトロフィーは誰の手に…！？ ２００４年４月７日深夜、待望の超人ワールドグランプリ決勝トーナメントの火蓋が切って落とされる！！
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。 就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。
